日前舉行的民進黨2026臺南市長初選中，綠營民代陳亭妃以微弱優勢力壓賴清德親信林俊憲，驚險勝出。有島內輿論指出，此次陳亭妃突圍勝出，不只是個人勝敗，更暴露了民進黨內部的派系之爭，是綠營內“反賴聯盟”與“新潮流系”較量的勝利。這反映出賴清德未能完全掌控初選進程，其在黨內的領導力面臨嚴峻考驗。

此番初選讓賴清德在自己的政治本命區臺南直接“踢到鐵板”，加之參選人之間的猛烈廝殺，讓綠營可謂“傷筋動骨”。外界預測，未來綠營內部恐更難團結，也將進一步削弱民進黨的整體戰力。

“過去藍營很羨慕民進黨的是，他們在初選殺到見骨，但往往能夠愈合。可是這次的情況不一樣”，國民黨臺北市議員鐘沛君做客島內政論節目時指出，“這一次林俊憲對陳亭妃的指控是傷筋動骨，并不是只有皮肉傷而已。因為林俊憲陣營在初選的末期，指控陳亭妃當年涉及議長跑票事件，嚴重傷害了‘臺派’支持者、傷害民進黨，是很深層的指控！”鐘沛君表示，現在陳亭妃勝出了，林俊憲要怎么去跟當時已經相信陳亭妃是“背骨妃”的人解釋？難道現在要一轉頭說“沒有啦，我之前開玩笑的”？

鐘沛君還直言，大家都知道，賴清德會有一個“小本子”，隨時在記哪些人得罪過他。接下來可以觀察，賴清德到臺南造勢輔選時，大家經常看到的“雙手一牽、振臂高呼”這一招牌輔選動作，“賴清德牽起陳亭妃的手時，有沒有像牽起其他人那樣自在？”

近期，除臺南、高雄的黨內初選硝煙滾滾外，綠營在彰化等地的內部整合也傳出不和諧聲音。臺媒報道，民進黨彰化縣黨部上周完成縣議員、鄉鎮市長、鄉鎮市民代表及村里長等公職提名登記，預計本周展開協調。若未達共識，將于26日至30日進行民調初選。臺媒爆料，不少參選人分析協調不成的機率高，早已抱定決心在民調上“決生死”。尤其是首度參選的綠營新人，大都已等不及黨內協調，就已啟動宣傳大戰，從站路口、市場掃街及宣傳車的“陸戰”，一直到社群“空戰”，紛紛想盡辦法搶曝光。臺媒形容，綠營黨內互打早已提前開戰。

而藍營方面，由于新北、臺中兩大重鎮的提名人選至今尚未浮出水面，因而格外受到關注。據報道，中國國民黨主席鄭麗文19日受訪回應，目前黨內溝通協調氣氛很不錯，一切就按制度走。她表示，新北市目標是農歷年前完成市長提名，國民黨將透過協調產生人選，“不需要初選”。