據日本共同社13日統計，“海貝思”過境導致日本多處河流泛濫，目前有21條河流決堤24處，另有77條河流發生漫堤現象。其中，流經長野縣的千曲川決堤，造成長野市和千曲市大范圍被淹，大片住宅區被洪水包圍，有的房屋甚至被淹至2層。

日本東日本鐵路公司長野新干線車輛中心未能幸免，承擔北陸新干線三分之一運力的10列新干線列車被洪水浸泡，有專家稱這些被泡的列車有可能全部報廢。

河水泛濫導致日本各地多個養老院被洪水包圍，許多老年人一度被困，其中包括千曲川流域5所福利設施的360名老人。后經日本警察和消防部門營救，大部分受困人員現已安全轉移。

日本多地還發生山體滑坡，群馬縣一處住宅被毀，3名居民死亡；福島縣一處住宅被沙土掩埋，房內居民仍在搜救之中。另有一艘停泊在東京灣的巴拿馬籍貨輪沉沒，12名外籍船員目前經搜救發現9人，其中5人死亡。

此外，長野、福島、茨城等縣多條河上架設的鐵路橋被沖垮，東北自動車道和東名高速道路等17條線路19個路段塌陷，日本多地依然處于停電斷水狀態。

日本公共交通系統正在逐步恢復正常。除北陸新干線、山形新干線13日全天停運外，其他新干線以及首都圈大部分線路13日下午基本恢復正常運行。日本羽田、成田等機場13日仍有800多個航班被取消，預計14日國內國際航班起降將基本恢復正常。